در مورد علت غيبت صغري مي توان مهمترين آن را تصميم جدي خلفاي غاصب وقت براي شهادت آن حضرت دانست. آنان با تمام توان نظامي و اطلاعاتي در پي آگاهي از تولد آن حضرت و به شهادت رساندن ايشان بودند و آن امام به امر خداوند به مدت 69 سال به طور پنهاني زندگي کرد و به واسطه نوّاب چهارگانه خود با شيعيان ارتباط داشت.

يعني عدم حضور در شأني از شؤون ولايت؛ و آن شأن، معاشرت با مردم و هدايت مستقيم اجتماع بشري و تشکيل حکومت حق است. امام زمان(عج) در عصر غيبت در همين يک شأن از شؤونات ولايت و مقامات و تصرفات خويش غايب است و در ديگر شؤون، حاضر، نافذ و فعال است.
از اين واقعيت در ابواب معرفت به “غيبت شأنيه” تعبير مي کنند. امام عصر(عج) در عصر غيبت داراي غيبت شأنيه و “حضرت شؤونيه” است. آن حضرت در يک شأن غايب و در بقيه حاضر است، زيرا که اين شؤون و حضور در ارتباط با بقاء و امتداد تکوّن کائنات است.

غيبت صغري و نواب چهارگانه
وضع زمان و عدم پذيرش مردم باعث شد که امام زمان(عج) از نظرها پنهان گردد، اين پنهاني که از آن به عنوان غيبت ياد مي شود تا زماني که مردم آماده مي شوند و شرايط ظهور مهيا گردد، ادامه دارد.
ولي طبيعي است که وقتي امام مردم غايب شد، مردم را به حال خود نمي گذارد بلکه افرادي را بين خود و مردم واسطه قرار مي دهد، وظيفه مردم هم اين است که با کنجکاوي دقيق اين افراد را بشناسند و تکليف خود را از آنها بگيرند.
بر همين اساس پس از آنکه امام زمان(عج) در سال 260 هجري قمري هنگام رحلت پدر بزرگوارشان از نظرها پنهان شدند و غيبت صغري به وجود آمد تا نيمه شعبان سال 329 چهار تن از فقهاي رباني به ترتيب زير از جانب آن حضرت تعيين شده و واسطه بين آن حضرت و مردم شدند :

1. عثمان بن سعيد که در سال 300 هجري وفات کرد. 
2. محمد بن عثمان که پنج سال عهده دار نيابت خاص بود و در سال 305 درگذشت. 
3. حسين بن روح که در شعبان سال 326 وفات کرد. 
4. علي بن محمد سيمري که در نيمه شعبان سال 329 از دنيا رفت و امام به او دستور داد که ديگر کسي را جانشين خود نکند.

احمد بن اسحاق گفته است : به امام هادي(ع) عرض کردم : با چه کسي معاشرت کنم و احکام دينم را از او ياد بگيرم و سخنش را بپذيرم؟ فرمود: عثمان بن سعيد عمروي، مورد اعتماد من است. اگر چيزي برايت نقل کرد، صحيح مي گويد. حرفش را بشنو و اطاعت کن. زيرا به وي اعتماد دارم.
ابو علي نقل کرده کرده: از امام حسن عسکري(ع) هم نظير اين سؤال شد، پاسخ داد: عثمان بن سعيد و فرزندش محمد، مورد اعتماد من هستند. هر چه را برايت روايت کنند، درست مي گويند. سخن آنان را بشنو و اطاعت کن؛ زيرا به آنان اعتماد دارم.
در آغاز غيبت صغري ميان علما و دانشمندان اختلاف است. دو نظر اصلي در آن وجود دارد:
گروهي مانند شيخ مفيد آغاز غيبت صغري را از هنگام ولادت حضرت مهدي(عج) به شمار آورده اند. زيرا از همان سالهاي آغازين ولادت، آن حضرت غيبت نسبي داشت و شماري اندک از ياران، وي را مشاهده کردند. بنابراين نظريه، دوره غيبت صغري تقريباً 74 سال مي شود.
برخي بر آنند که غيبت صغري از سال 260 هجري قمري يعني سال درگذشت امام حسن(ع) آغاز شد و اين مدت تا شروع غيبت کبري دوران آمادگي شيعيان و انس آنان به جدايي از امام زمان(عج) نام گرفت. در اين دوران 69 ساله، سفيراني رابط بين امام و مردم بودند.
زماني که در سال 260 هجري قمري امام حسن عسکري(ع) وفات يافت، فقط عده اندکي از شيعيان خاص و برخي از وکلاي حضرت از وجود فرزند ايشان، امام مهدي(عج) مطلع بودند. خليفه عباسي احمد المعتمد در پي آن بود تا فرزند و وارث امام را بيابد از اين رو مدتي منزل و خانواده امام را تحت مراقبت قرار داد.

از طرفي جعفر بن علي برادر امام حسن عسکري(ع) به دنبال آن بود که منزلت و مقام برادر را به دست آورد و حتي در اين کار از خليفه عباسي کمک خواست و ليکن توفيقي نيافت. 8 امام عسکري(ع) پيش از رحلت خود عثمان بن سعيد عمري را که از وکلا و اصحاب خاص بود، در چند مجلس به اصحاب خود معرفي و او را به عنوان نائب امام دوازدهم پس از خود تعيين کرد.
عثمان بن سعيد مدت ده سال وکيل امام هادي(ع) بود و پس از آن وکالت امام حسن عسکري(ع) را به عهده داشت و پس از رحلت امام به ظاهر مراسم تغسيل و تکفين وي را انجام داد. او پس از چندي به بغداد نقل مکان کرد که از شهرهاي شيعه نشين عراق بود.

در طي اين مدت کوتاه که او نيابت خاص امام دوازدهم را به عهده داشت، شيعيان به وي رجوع مي کردند و توقيعات9 صادره از ناحيه امام به دست وي به دست شيعيان مي رسيد.
عثمان بن سعيد پيش از وفاتش مامور شد تا پسرش محمد را به عنوان نائب امام به شيعيان معرفي کند. دوران نيابت محمد بن عثمان دوراني طولاني و سخت بود. فشار و اختناق اعمال شده از جانب عباسيان، انحرافات ديني و فرقه اي، القاء شبهات گوناگون و حرکت هاي رو به گسترش اسماعيليان از مهم ترين مشکلاتي بودند که وي با آنان درگير بود.
محمد بن عثمان در سال 305 هجري قمري درگذشت و حسين بن روح نوبختي به نيابت امام منسوب شد. او از مردم قم و مدتها از دستياران محمد بن عثمان بود. او با تدبير و کياست خود توانست در اوج بحران، اوضاع مساعدي را براي جامعه شيعي فراهم سازد و تا حد ممکن از فشارهايي که از طرف حکومت بر آنها اعمال مي شد، بکاهد.
سياست ديني وي به گونه اي بود که هيچ تنش و عکس العملي را عليه شيعيان پديد نمي آورد. او توانسته بود با اعمال تقيه شديد چنين جوي را به وجود آورد. يک بار در مجلسي در حضور علماي اهل سنت به گونه اي درباره عمر و ابوبکر سخن گفت که همگان را به تعجب واداشت و هر گونه بدبيني و سوء ظن سنيان را نسبت به او برطرف ساخت. او در همين راستا يکي از خدمتکارانش را که عادت به ناسزاگويي به معاويه داشت، اخراج کرد.

با درگذشت حسين بن روح نوبختي در سال 326 ق. محمد بن علي سمري به نيابت منصوب شد. وي آخرين نائب امام(ع) بود و در سال 329 ق. درگذشت. آخرين توقيعي که يک هفته پيش از وفاتش به دست او رسيد، وي را مامور ساخته بود که شخصي را بعد از خود به عنوان نائب امام معرفي نکند.
اين توقيع در واقع اعلامي براي آغاز غيبت کبري امام بود.
از مشکلات اساسي که نايبان امام و شيعيان با آن درگير بودند، ظهور مدعيان نيابت بود.
کساني که به علل مختلف ادعا مي کردند نائب امام(ع) هستند.
ظهور اين افراد غالباً با انحرافات و القاء شبهاتي همراه بود و اين بزرگترين خطري بود که در اين عصر شيعيان را تهديد مي کرد. مشهورترين اين افراد محمد بن علي شلمغاني بود که معاصر با حسين بن روح بود و توقيعي از ناحيه امام(ع) مبني بر برائت از او، لعن بر او و چند تن ديگر صادر شد.
پس از وفات حسين بن روح نوبختي در سال 329 ق. دوران غيبت کبري آغاز شد. که امام قائم(عج) در اين دوران نيزپيروانش را سرگردان نگذاشته است و مردم را به اطاعت از ولي فقيه فراخوانده است.
در پاسخ به اين سؤال كه ” آيا توقيعات به خط خود امام بود؟ ” گفته شده که خود آن حضرت، کاتب توقيعات بوده است، حتي خط مبارکش بين خواص اصحاب و علماي وقت، معروف بوده و آن را به خوبي مي شناختند. اين سخن شواهدي نيز دارد.
اسحاق بن يعقوب گفته است : توسط محمد بن عثمان، مسائل مشکلي را به ناحية مقدسه فرستادم و جوابش را به دستخط مبارک امام زمان دريافت داشتم. ابونصر هبت الله روايت کرده است ابوجعفر عمري که در سنه 304 ق. وفات کرد. حدود 50 سال وکيل امام زمان(عج) بود. مردم اموالشان را براي او مي بردند و توقيعات آن حضرت به همان خطي که در زمان امام حسن عسکري(ع) نوشته مي شد به دست او براي شيعيان صادر مي گشت.